Der IPA-III-Programmierungsrahmen sieht fünf thematische Fenster vor: 

• Fenster 1 - Rechtsstaatlichkeit, Grundrechte und Demokratie: Das übergeordnete Ziel von IPA III in diesem Fenster ist die Stärkung der Rechtsstaatlichkeit, der Demokratie, der Achtung der Menschenrechte und des Völkerrechts, der Zivilgesellschaft und der Sicherheit sowie die Verbesserung des Migrationsmanagements einschließlich der Grenzverwaltung. 
• Fenster 2 - Gute Regierungsführung, Angleichung an den EU-Besitzstand, gutnachbarliche Beziehungen und strategische Kommunikation: Übergeordnetes Ziel der EU-Hilfe im Rahmen von Fenster 2 ist die Förderung einer verantwortungsvollen Staatsführung, die stärkere Beachtung der Werte der Union und die Angleichung an die Regeln, Standards und Praktiken der Union in den betreffenden Bereichen. Die EU-Hilfe wird auch den Frieden und die Stabilität in der gesamten Region fördern.
• Fenster 3 - Grüne Agenda und nachhaltige Konnektivität: Die übergeordneten Ziele der EU-Hilfe im Rahmen von Fenster 3 sind die Förderung der grünen Agenda durch Stärkung des Umweltschutzes, Beitrag zur Eindämmung des Klimawandels, Erhöhung der Widerstandsfähigkeit gegenüber dem Klimawandel, Beschleunigung des Übergangs zu einer kohlenstoffarmen Wirtschaft und Kreislaufwirtschaft sowie Entwicklung der digitalen Wirtschaft und Gesellschaft. Dieser Ansatz gilt nicht nur an Land, sondern auch auf See mit einem neuen Konzept für eine nachhaltige blaue Wirtschaft. Er wird dazu beitragen, die Widerstandsfähigkeit zu stärken und das Entstehen und die Ausbreitung künftiger Gesundheitskrisen zu verhindern.
• Fenster 4 - Wettbewerbsfähigkeit und integratives Wachstum: Das übergeordnete Ziel der EU-Hilfe im Rahmen von Fenster 4 ist die Stärkung der wirtschaftlichen und sozialen Entwicklung, u. a. durch Bildung, Wettbewerbsfähigkeit, Forschung und Innovation, soziale Eingliederung, Industrie- und Beschäftigungspolitik, mit besonderem Schwerpunkt auf der Entwicklung des Privatsektors sowie der Landwirtschaft, der ländlichen und industriellen Entwicklung. Die Gleichstellung der Geschlechter, der Abbau von Ungleichheiten und die Stärkung des sozialen Zusammenhalts müssen berücksichtigt werden, zum Beispiel durch die Ökologisierung von Unternehmen zur Schaffung von Arbeitsplätzen, wobei der Schwerpunkt auf Frauen, Jugendlichen und Flüchtlingen liegt.
• Fenster 5 - Territoriale und grenzüberschreitende Zusammenarbeit: Die strategischen Ziele der Programme für die grenzübergreifende Zusammenarbeit zwischen IPA-III-Empfängern sind: 
  • Förderung der Versöhnung und Vertrauensbildung sowie gutnachbarschaftlicher Beziehungen
  • wirtschaftliche, soziale und territoriale Entwicklung der Grenzgebiete, Förderung der Zusammenarbeit zwischen nationalen lokalen/regionalen Behörden, Verbänden, Nichtregierungsorganisationen und Unternehmen aus den Nachbarregionen
  • Aufbau der Kapazitäten lokaler, regionaler und nationaler Institutionen für die Verwaltung von EU-Programmen und Vorbereitung auf die Verwaltung künftiger Strukturfonds im Rahmen des Ziels der territorialen Zusammenarbeit, das mit dem Beitritt umgesetzt wird.

Darüber hinaus wird eine Reihe von Querschnittsthemen wie Klimawandel, Umweltschutz, Zivilgesellschaft, Gleichstellung der Geschlechter und ein auf Rechten basierender Ansatz in die fünf Fenster aufgenommen und somit umgesetzt.

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In jedem Fenster wurden mehrere Schlüsselprioritäten für die IPA-III-Unterstützung festgelegt: 

Fenster 1: Rechtsstaatlichkeit, Grundrechte und Demokratie

• Justizwesen: Weitere Verbesserung der Unabhängigkeit, der Rechenschaftspflicht, der Qualität und der Effizienz der Justizsysteme der einzelnen Empfängerländer. IPA III wird auch dazu beitragen, die Professionalisierung der Richter und des Justizsystems insgesamt zu verbessern, einschließlich der Fähigkeiten und Kapazitäten der an der Rechtspflege beteiligten Beamten.
• Bekämpfung der Korruption: Erfolgsbilanz bei der Ermittlung, Verfolgung und Verurteilung von Korruptionsfällen auf hoher Ebene sowie einen soliden institutionellen Rahmen für die Korruptionsbekämpfung zu schaffen bzw. zu stärken, sofern ein solcher bereits besteht.
• Bekämpfung der organisierten Kriminalität/Sicherheit: Einrichtung wirksamer Systeme, um eine proaktive Ermittlungs-, Strafverfolgungs- und Verurteilungsbilanz in Bezug auf die organisierte Kriminalität zu erstellen und auszubauen sowie Radikalisierung und alle Formen des gewalttätigen Extremismus zu bekämpfen. Besondere Aufmerksamkeit wird der verstärkten Unterstützung des Aufbaus von Kapazitäten im Bereich der Cybersicherheit und der Bekämpfung der Cyberkriminalität gewidmet. Zur Erreichung der oben genannten strategischen Ziele im Bereich der Terrorismusbekämpfung sowie der Prävention und Bekämpfung von gewalttätigem Extremismus und Radikalisierung wird eine kontinuierliche Unterstützung angeboten.
• Migration und Grenzverwaltung: Weitere Intensivierung der strategischen und operativen Zusammenarbeit im Bereich Migration, die sich auf verschiedene Säulen stützt: irreguläre Migration, Grenzverwaltung, internationaler Schutz und legale Migration. 
• Grundrechte: Angleichung des Rechtsrahmens an EU- und internationale Standards zu gewährleisten und eine solide Erfolgsbilanz bei der Achtung der Grundrechte zu erzielen.
• Demokratie: Sicherstellung, dass die demokratischen Institutionen mit angemessenen Mitteln ausgestattet sind und im Einklang mit der Verfassung, den Grundsätzen einer effizienten Regierung und den Empfehlungen der Venedig-Kommission funktionieren.
• Zivilgesellschaft: Stärkung der rechtlichen und politischen Rahmenbedingungen und die Unterstützung der Grundbedürfnisse von Organisationen der Zivilgesellschaft (CSO), die Stärkung der Rolle der CSO bei der Entscheidungsfindung und der Politikgestaltung in Partnerschaft mit den Behörden auf der Grundlage von Vertrauen und gegenseitiger Anerkennung und auf der Grundlage gemeinsamer Interessen, die Stärkung der Fähigkeiten und Kapazitäten der CSO sowie die Sensibilisierung der Öffentlichkeit für die Bedürfnisse und die Rolle der CSO.

Fenster 2: Gute Regierungsführung, Angleichung an den EU-Besitzstand, gutnachbarliche Beziehungen und strategische Kommunikation

• Gute Regierungsführung: Modernisierung der öffentlichen Verwaltungen auf allen Regierungsebenen, die Stärkung der statistischen Systeme und der wirtschaftlichen Governance und damit ein Beitrag zum nachhaltigen Wachstum und zur Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit.
• Verwaltungskapazität und Angleichung an den EU-Besitzstand: Politik und Rechtsvorschriften der Begünstigten mit der EU-Politik und dem EU-Besitzstand in Einklang bringen und die Verwaltungskapazitäten für die vollständige und wirksame Umsetzung der sektorspezifischen Politik und der verabschiedeten Rechtsvorschriften aufzubauen, um die Begünstigten in die Lage zu versetzen, die aus der Mitgliedschaft erwachsenden Verpflichtungen zu erfüllen und die Digitalisierung voranzutreiben. Dieses Ziel stellt eine Querschnittspriorität dar und ergänzt den Aufbau von Verwaltungskapazitäten im Rahmen anderer Fenster im Einklang mit dem sektoralen Ansatz.
• Gutnachbarschaftliche Beziehungen und Versöhnung: Beitrag zu gesellschaftlichen Zusammenhalt und zur Widerstandsfähigkeit beizutragen, indem das Erbe der Konflikte der Vergangenheit angegangen und allen Opfern der Konflikte Gerechtigkeit widerfahren wird.
• Strategische Kommunikation, Monitoring, Evaluierung und Kommunikationsmaßnahmen: Unterstützung der Öffentlichkeit für die Werte und die Politik der EU sowie für die notwendigen Reformen im Rahmen des Beitrittsprozesses sicherzustellen, indem 1. die Funktionsweise der EU und des EU-Beitrittsprozesses und 2. Welche Vorteile und Auswirkungen der Prozess für die Bürger der Kandidatenländer und potenziellen Kandidaten sowie für die EU-Mitgliedstaaten hat.

Fenster 3: Grüne Agenda und nachhaltige Konnektivität

• Umwelt und Klimawandel: Schutz der Umwelt zu unterstützen, ihre Qualität zu verbessern und zu Maßnahmen und Strategien gegen den Klimawandel beizutragen, um den Übergang zu einer kohlenstoffarmen Wirtschaft zu beschleunigen.
• Verkehr, digitale Wirtschaft und Gesellschaft sowie Energie: Förderung eines intelligenten, nachhaltigen, integrativen, sicheren und widerstandsfähigen Verkehrswesens und die Beseitigung von Engpässen in wichtigen Netzinfrastrukturen, die Verbesserung des Zugangs zu digitalen Technologien und Diensten, die Beschleunigung des Übergangs zu einer kohlenstoffarmen, klimaresistenten Wirtschaft, die Förderung einer sauberen Energiewende und eines integrierten europäischen Energiemarktes.

Fenster 4: Wettbewerbsfähigkeit und integratives Wachstum

• Bildung, Beschäftigung, Sozialschutz und Eingliederungspolitik sowie Gesundheit: Verbesserung des Zugangs zu und der Qualität von integrativer Bildung, einschließlich Berufsbildung, Teilnahme an frühkindlicher Bildung und Betreuung und Möglichkeiten des lebenslangen Lernens auf allen Ebenen. IPA III wird auch dazu beitragen, die Qualität der Beschäftigung und den Zugang zum Arbeitsmarkt zu fördern, den Anteil der informell Beschäftigten zu verringern sowie Gleichstellung und Nichtdiskriminierung, Sozialschutz und soziale Eingliederung und die Bekämpfung der Armut zu fördern.
• Entwicklung des Privatsektors, Handel, Forschung und Innovation: Verbesserung des Unternehmensumfelds, des Innovationsökosystems und des Investitionsklimas in den begünstigten Ländern und die Förderung der Integration in die industriellen Wertschöpfungsketten der EU, um die sozioökonomische Erholung nach der COVID-19-Pandemie zu unterstützen und die Wettbewerbsfähigkeit dieser Volkswirtschaften zu steigern.
• Landwirtschaft und ländliche Entwicklung: Schrittweiser Aufbau eines Landwirtschaftssektors, der in der Lage ist, mit den Marktkräften zu konkurrieren, während gleichzeitig eine schrittweise Angleichung an den EU-Rechtsrahmen im Bereich Landwirtschaft und ländliche Entwicklung sowie an die einschlägigen Standards in den Bereichen Veterinärmedizin, Lebensmittelsicherheit und Pflanzenschutz erfolgt. Größere Anstrengungen sind nach wie vor in den Bereichen Lebensmittelsicherheit, Tierschutz und Übergang zu nachhaltigen Lebensmittelsystemen erforderlich, die angesichts der notwendigen Angleichung an den EU-Besitzstand im Bereich der Lebensmittelsicherheit und an die EU-Strategie "Vom Erzeuger zum Verbraucher", die das Kernstück des "Green Deal" der EU bildet und darauf abzielt, die Lebensmittelsysteme fair, gesund und umweltfreundlich zu gestalten, immer wichtiger werden. IPA III wird auch dazu beitragen, die Ernährungssicherheit in der Region zu gewährleisten, das Leben der Bewohner des ländlichen Raums durch die wirtschaftliche und soziale Entwicklung der ländlichen Gebiete zu verbessern und die Widerstandsfähigkeit gegenüber den negativen Auswirkungen des Klimawandels zu stärken.
• Fischerei: Verbesserung der Fähigkeit, dem Wettbewerbsdruck und den Marktkräften standzuhalten, die schrittweise Angleichung an die Vorschriften und Normen der Union vorzunehmen und die Aquakultur zu fördern.

Fenster 5: Territoriale und grenzübergreifende Zusammenarbeit

• Förderung der Beschäftigung, der Mobilität der Arbeitskräfte und der sozialen und kulturellen Eingliederung über die Grenzen hinweg, unter anderem durch: Integration der grenzüberschreitenden Arbeitsmärkte, einschließlich der grenzüberschreitenden Mobilität, gemeinsame lokale Beschäftigungsinitiativen, Informations- und Beratungsdienste und gemeinsame Ausbildungsmaßnahmen, Gleichstellung der Geschlechter, Chancengleichheit, Integration von Zuwanderergemeinschaften und schutzbedürftigen Gruppen, Investitionen in öffentliche Arbeitsverwaltungen und Unterstützung von Investitionen in öffentliche Gesundheits- und Sozialdienste 
• Schutz der Umwelt und Förderung der Anpassung an den Klimawandel und seiner Abschwächung sowie der Risikoprävention und des Risikomanagements, unter anderem durch: gemeinsame Maßnahmen für den Umweltschutz; Förderung der nachhaltigen Nutzung natürlicher Ressourcen, koordinierte maritime Raumplanung, Ressourceneffizienz und Kreislaufwirtschaft, erneuerbare Energiequellen und den Übergang zu einer sicheren und nachhaltigen kohlenstoffarmen, grünen Wirtschaft; Förderung von Investitionen zur Bewältigung spezifischer Risiken, Gewährleistung der Widerstandsfähigkeit gegenüber Katastrophen und der Katastrophenprävention, -vorsorge und -bewältigung 
• Förderung eines nachhaltigen Verkehrs und Verbesserung der öffentlichen Infrastrukturen, unter anderem durch die Verringerung der Isolation durch einen verbesserten Zugang zu Verkehrsmitteln, digitalen Netzen und Dienstleistungen und durch Investitionen in grenzüberschreitende Wasser-, Abfall- und Energiesysteme und -einrichtungen 
• Förderung der digitalen Wirtschaft und Gesellschaft, u. a. durch den Ausbau der digitalen Vernetzung, die Entwicklung interoperabler elektronischer Behördendienste, digitales Vertrauen und Sicherheit sowie digitale Kompetenzen und Unternehmertum 
• Förderung des Tourismus und des Kultur- und Naturerbes 
• Investitionen in Jugend, Bildung und Qualifikationen, u. a. durch die Entwicklung und Umsetzung gemeinsamer Bildungs-, Berufsbildungs- und Ausbildungsprogramme sowie Infrastrukturen zur Unterstützung gemeinsamer Jugendaktivitäten 
• Förderung der lokalen und regionalen Governance und Stärkung der Planungs- und Verwaltungskapazität der lokalen und regionalen Behörden 
• Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit, des Unternehmensumfelds und der Entwicklung kleiner und mittlerer Unternehmen, des Handels und der Investitionen, unter anderem durch die Förderung und Unterstützung des Unternehmertums, insbesondere kleiner und mittlerer Unternehmen, und die Entwicklung lokaler grenzüberschreitender Märkte und die Internationalisierung 
• Stärkung von Forschung, technologischer Entwicklung, Innovation und digitalen Technologien, unter anderem durch die Förderung der gemeinsamen Nutzung von Humanressourcen und Einrichtungen für Forschung und technologische Entwicklung

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